Sedangkan tumbuhan yang berkembang biak dengan biji dibedakan menjadi dua jenis, yaitu tumbuhan berbiji terbuka (gymnospermae) dan tumbuhan berbiji tertutup (angiospermae).
1) Tumbuhan Lumut
Tumbuhan lumut dibagi menjadi tiga filum tumbuhan herba (tak berkayu) berukuran kecil, yaitu lumut hati (Hepatophyta), lumut tanduk (Anthocerophyta), dan lumut daun (Bryophyta).
2) Tumbuhan Paku
Tumbuhan paku disebut juga pteridophyta. Tumbuhan ini memiliki akar, batang, daun sejati, dan pembuluh angkut.
Biasanya, tumbuhan paku hidup di air, tempat lembap, atau menempel pada tumbuhan lain.
Contoh organisme tumbuhan paku misalnya, paku ekor kuda (Equisetum), paku air (Salviniales), paku tanduk rusa (Platycerium).
3) Tumbuhan Berbiji
- Gymnospermae (tumbuhan biji terbuka), merupakan tumbuhan yang bijinya tidak terlindung dalam bakal buah.
Contoh tanaman yang termasuk ke dalam kelompok gymnospermae adalah melinjo (Gnetum gnemon), pakis haji (Cycas rumphii), dan pinus (Pinus merkusii).
- Angiospermae (tumbuhan biji tertutup), merupakan tumbuhan yang bijinya dilindungi dengan karpel atau daun buahnya.
Berdasarkan jumlah keping bijinya, tumbuhan biji tertutup digolongkan menjadi dua, yaitu monokotil dan dikotil.