1. Cagar alam yang berada di Pulau Sumatera
- Cagar Alam Rimbopanti
- Cagar Alam Rafflesia (Aceh)
- Cagar Alam Gunung Krakatau
- Cagar Alam batu Gajah (Sumatera Utara)
- Cagar Alam Lubuk Raya (Sumatera Utara)
- Cagar Alam Sibolangit (Sumatera Utara)
- Cagar Alam Air Putih (Sumatera Barat
- Cagar Alam Bukit Bungkuk (Riau)
- Cagar Alam Buluh Hitam (Jambi)
- Cagar Alam Bunga Maskikim (Sumatera Selatan)
- Cagar Alam Sungai Bahelo (Bengkulu)
- Cagar Alam Pulau Anak Krakatau (Lampung)
- Cagar Alam Pulau Laut (Kep. Riau)
2. Cagar alam yang berada di Pulau Kalimantan
- Cagar Alam Mandor
- Cagar Alam Gunung Palung
3. Cagar Alam yang berada di Pulau Sulawesi
- Cagar Alam Tangkoko
4. Cagar Alam yang berada di pulau Jawa
- Cagar Alam Gunung Butak
- Cagar Alam Teluk Baron