Pada tahun 1987, museum benteng Vredeburg baru dibuka untuk umum. Berdasarkam SK Mendikbud RI Prof. Dr. Fuad Hasan No. 0475/0/1992 tanggal 23 November 1992, Museum Benteng Vredeburg menjadi Museum Khusus Perjuangan Nasional. Lalu tanggal 5 September 1997, Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta mengelola museum Perjuangan Yogyakarta di Brontokusuman Yogyakarta berdasarkan SK Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: KM. 48/OT. 001/MKP/2003 tanggal 5 Desember 2003.
Keunikan di Dalamnya
Di dalam benteng terdapat bangunan-bangunan rumah perwira, asrama prajurit, gudang logistik, gudang mesiu, rumah sakit prajurit, dan rumah residen.
Tembok benteng merupakan lapisan pertahanan sesudah parit sebagai tempat pertahanan, pengintaian dan penempatan meriam-meriam kecil maupun senjata tangan. Pintu gerbang berjumlah tiga buah yaitu di barat, timur dan selatan.
Dulunya bangunan-bangunan di dalam benteng bagian tengah sebagai barak prajurit dan perwira, lalu menjadi tangsi militer.
Kita juga dapat menemukan koleksi benda asli dan berperan langsung dalam sejarah seperti peralatan rumah tangga, senjata, naskah, pakaian, peralatan dapur dan sebagainya. Koleksi-koleksi itu berada di empat bangunan diorama yang di dalamnya terdapat koleksi foto para pejuang dan perjuangannya mempertahankan Indonesia.
Peristiwa perjalanan sejarah Indonesia ditampilkan dalam bentuk minirama dengan detil, ekspresi, dan situasi yang menyerupai aslinya. Jam buka museum adalah Selasa-Jumat dari pukul 08.00-16.00 dan Sabtu-Minggu jam 08.00-17.00. Hari libur nasional tetap buka, tetapi Senin tutup.