Bendera Pusaka Merah Putih dikibarkan hingga pada tahun 1968. Oleh karena kondisinya yang sudah mulai rapuh dan takut semakin rusak, maka pemerintah membuat duplikatnya. Duplikat Bendera Pusaka Merah Putih tersebut sering disebut Sang Merah Putih.
Bendera Pusaka Merah Putih dulu disimpan di Istana Merdeka. Namun, sejak 20 Mei 2007, Bendera Pusaka Merah Putih disimpan di Monumen Nasional (Monas).
Bendera Pusaka Merah Putih disimpan di dalam kotak kaca dengan cara dilipat, lalu diletakkan dalam kotak kaca tebal 2 cm dengan bingkai kuningan ukuran 5 x 5 x 0,5 meter.
Konon, kondisi Bendera Merah Merah Putih saat ini terdapat sobekan di dua ujung. Pada ujung berwarna putih terdapat sobek berukuran 12 cm x 42 cm, dan pada ujung warna merah terdapat sobek berukuran 15 cm x 47 cm.
Namun, mulai 12 Agustus 2017, pola penyimpanan Bendera Pusaka Merah Putih tak lagi dilipat, tetapi dibentangkan dalam lemari panjang yang dilapisi kaca anti peluru setebal 12 cm. Selain itu kelembabannya diatur supaya tidak cepat rusak.