Alur pendaftaran KIP adalah sebagai berikut:
- Siswa mendaftar dengan membawa KKS milik orang tua ke lembaga pendidikan terdekat (dinas pendidikan) atau bisa juga dengan melapor langsung ke pihak sekolah, Sanggar Kegiatan Belajar (SKB), Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat (PKBM), atau Lembaga Kursus dan Pelatihan (LKP).
- Sekolah/madrasah/ SKB/PKBM atau LKP akan mencatat data siswa yang selanjutnya dikirimkan atau diusulkan ke Dinas Pendidikan atau Kementerian Agama kota setempat.
- Dinas Pendidikan atau Kementerian Agama kota setempat tersebut kemudian mendaftarkan calon siswa ke aplikasi Data Pokok Pendidikan (Dapodik).
- Sekolah yang sudah berada dalam naungan Kemendikbud wajib memasukkan data calon penerima KIP dalam Dapodik.
- Jika siswa lolos seleksi, selanjutnya KIP akan dikirimkan ke alamat siswa yang sudah mendaftar atau bisa dikirimkan ke sekolah untuk kemudian diberikan kepada siswa yang bersangkutan.
Pemerintah berharap dengan hadirnya PIP tidak ada lagi siswa yang putus sekolah.
Informasi seputar program KIP Sekolah, pertanyaan dan pengaduan bisa diakses melalui laman https://indonesiapintar.kemdikbud.go.id/